商学部不是仅有一个学科，在商学部有以下四个学科：
1. 经济学科
2. 商学科
3. 企业法学科
4. 社会情报学科
1. 经济学科
经济学进入20世纪后得到了飞速发展，它是一门以数学和统计学为基础的学科。通过本专业的学习，培养学生的逻辑思维能力，拥有国际化视野和实践能力，是本专业的教育方针。作为商学部的一部分，经济学科的学生同样可以选修商学，企业法学，社会情报学的科目。小樽商科大学经济学科的课程具有完整的教学体系和国际化的水准。经济学科有很多教学科研经验的教授，他们之中很多人拥有美国大学的博士学位，一部分课程可以用英语授课。
2. 商学科
商学是一门和急速变化的经济社会紧密联系的学科。也是日本留学热门专业之一，商学科是研究在经济社会中企业的活动。商学这一词语虽很早就有，其实是一门商业最前沿的学科领域。商学科有商学讲座，经营学讲座，会计学讲座，通过这三个方面的学习，掌握经营必须的思考能力和实践能力。
学科科目的设置上有完整的体系，在第三，四学年有以讨论形式为主的讲习会，最多有15人参加。第四学年的时候要求把讲习会的结果作为论文提出。一部分以英语进行。
3. 企业法学科
本专业的目标是培养商业领域中的法律专家。企业法学是以研究企业活动中相关法律为中心，强调实践能力的一门学科。
本专业研究范围很广，学生不仅学习宪法，民法，刑法，商法等基础传统的学科，而且还有知识产权法，国际经济法，国际商法等最前沿，实用性很强的科目。除此之外，从第三学年开始少数人参加的以讨论形式为主的讲习会，培养独立思考现代社会出现的法律问题的解决方案，正义公平的法律意识和逻辑思维能力。
本专业的毕业生不仅在政府法律部门，也有在商业领域，律师，部门等，活跃在不同的领域。
4. 社会情报学科
本专业培养学生广阔的知识和技能来适应 随着IT技术的进步，带来的社会环境的急速发展。本专业的教育和研究以IT化的技术要素为主，包含社会各种组织下信息的传递，信息系统，项目的推进，项目决策时的方法论及其应用。
在技术层面上理工科具有很强优势，而在应用层面上文科具有很强优势的本专业，发挥理工科和文科各自的优势，二者有机结合学习。使其拥有丰富的信息化意识，精通组织社会的运营结构。从基础开始到应用的培训，使其成为适应IT社会的经营管理者。